Yleisradion tv-uutisten toimittaja Pekka Niiranen on tehnyt lyhyesti sanottuna erinomaisen mielenkiintoisen väitöskirjan. Kekkosen suhde kirkkoon ja uskontoon on alue, josta on kyllä jonkin verran tiedetty mutta josta Niiranen aiemmin vähän käytettyihin lähteisiin nojaten nyt kaivaa esiin uutta, Kekkosen henkilökuvaakin valaisevaa tietoa.
Kekkosen suhteesta kirkkoon muistetaan hyvin muun muassa ne piispanimitykset, joissa hän käveli yli varsinaisen vaalin tuloksen. Kansankirkon esipaimenten nimitykset olivat Niirasen mukaan jopa asioita, joihin Kekkonen huolellisimmin paneutui.
Jotain on tiedetty siitäkin, että Kekkosella oli läheiset suhteet Pohjois-Suomen lestadiolaisiin, nimenomaan vanhoilliseen suuntaan. Kuvaa Kekkosesta uskonnollisena ihmisenä on kuitenkin jättänyt alleen tämän maine "suruttomana" päämiehenä, joka joi reippaasti ja jolla oli avioliiton ulkopuolisia naissuhteita. Toinen puoli samaa ihmistä oli se, että Kekkosen hyllyn ilmeisesti tarkimmin luettuihin kirjoihin kuului Tuomas Kempiläinen Kristuksen seuraamisesta. Sen marginaaleihin Kekkonen oli tehnyt lukuisia merkintöjä. Kun kirjassa lukee "kuta nöyrempi ja Jumalalle kuuliaisempi joku on, sitä viisaampi ja rauhallisempi hän on kaikissa oloissa", oli Kekkonen sen perään kirjoittanut: "Hyvä on Herra, 18/2 1956".
Jos Kekkosen olisi pitänyt johonkin kirkon herätysliikkeistä tunnustautua, se olisi Niirasen mukaan ollut juuri lestadiolaisuus. Kekkosen itse selitti lestadiolaisuuden läheisyyden johtuvan siitä, että hänen isänsä oli kyseiseen liikkeeseen kuulunut – äidin hengellinen koti oli puolestaan Pelastusarmeija. Kekkosen pitkäaikaisimmat keskustelukumppanit lestadiolaisten keskuudessa olivat kalajokinen lääninrovasti Vilho H. Kivioja, entinen Taivalkosken kirkkoherra Antti Koukkari ja vuolijokelainen maanviljelijä Kalle Oulujärvi. Yhteydenpidossa oli Niirasen mukaan kysymys paitsi lestadiolaisten poliittisesta kannatuksesta Kekkoselle myös "jumalanlasten" huolesta, joka liittyi presidentin uskonelämään. Keväällä 1965 Oulujärvi esimerkiksi ehdotti, että Kekkonen ottaisi vastaan raahelaisen vanhoillislestadiolaisen maallikkopuhujan Arvo Perälän, joka oli erityisesti Ilmestyskirjan ymmärtäjä. Kekkonen ei ajatusta torjunut, vaikka viikkoa aikaisemmin hänen luonaan oli jo käynyt seitsemän vanhoillislestadiolaista saarnamiestä.
Kekkonen näki tehtäväkseen yhteiskunnan eheyttämisen, ja siihen tavoitteeseen pääsemiseksi hän teki myös kirkkoa koskevia ratkaisuja. Yksi tapa toimia tähän suuntaan näkyi piispojen nimityksissä. Kirkko ei hänen mukaansa saanut palata siihen, mitä se oli 1930-luvulla. Toisaalta Niiranen ei sulje pois sitäkään mahdollisuutta, etteikö Kekkosen omalla uskonnollisuudella olisi voinut olla vaikutusta nimityksiin. Vaikka Kekkonen pohti piispojen nimityksiä huolella, hän kuitenkin lopulta poikkesi vain kahdesti siitä, mitä hiippakunnan piispanvaalissa oli tullut tulokseksi: 1956 hän nimitti Eero Lehtisen Lapuan piispaksi ohi Olavi Kareksen ja vuonna 1974 Paavo Kortekankaan Kuopion piispaksi ohi Jukka Malmivaaran.
Kun nimitysvalta oli presidentillä, kirkolliset ryhmittymät pyrkivät käyttämään tätä väylää hyväkseen omia suosikkeja piispaksi ajaessaan. Kekkonen sai kirjeitä ja yhteydenottoja runsaasti ja hyvin usein hän myös niihin vastasi.
Näin oli asia muun muassa Oulun kolmen viimeisen piispannimitysten kohdalla. Kun Ouluun valittiin piispaa vuonna 1979, Kekkoselle kirjoitti muun muassa presidentin vanha ystävä Torniosta, Antti Aho. Tämän mukaan "vanhoillislestadialaiset" ovat ainoa herätysliike Suomessa, joka on aina ollut tukemassa virallista ulkopolitiikkaa ja Kekkosta itseään, minkä vuoksi tämän olisi nyt vastapalveluksena hyvä nimittää Rimpiläinen. Ulko- ja idänpolitiikassa Kekkonen sai paimennettua kirkon johdon valtiojohdon linjalle. Sen taakse taipui – ainakin nimellisesti – sekin piispojen joukko, jolla oli menneisyys Akateemisessa Karjala-Seurassa. Esimerkkejä nöyrästä itäsuhteen vaalimisesta on Niirasella monia, ja osaa niistä voisi käyttää todistusaineistoja rähmälläänolosta tai naiiviudesta. Muiden piispojen tavoin maan ja kirkon linjaa noudatti – joutui noudattamaan – myös nuoruudessaan oikeistoliikehdinnässä mukana ollut Oulun piispa Hannes Leinonen. Kun Ouluun oli vuonna 1975 tulossa puhumaan maanpakolaisuuteen lähtenyt romanialaispappi Richard Wurmbrand, sai presidentin kansliapäällikön Kauko Sipposen soitto aikaan sen, että ovi tuomiokirkkoon ei romanialaiselle avautunutkaan.
Pohjois-Suomen kirkollista elämää koskevaa tietoa Niirasen väitöskirjassa on kaikkiaan huomattava määrä. Osa siitä tuo tarkennusta jo aiemmin tiedettyyn, osa taas on ainakin suurelle yleisölle kokonaan uutta tietoa. Niirasen väitöskirjaa pitää kehua myös siitä, että sen teksti on sujuvaa ja tarkkaa. Välillä suorastaan unohtaa lukevansa tieteellistä opinnäytettä, joiden syntinä monesti on vierassanojen tarpeeton viljely ja epäselvien ajatusten piilottaminen monitulkintaisiin muotoiluihin. Niirasen väitöskirja lienee ainoa teologian alan tutkimus, jonka lähteisiin kuuluu miestenlehti Jallu. Siinä vuonna 1961 olleesta Tabe Slioorin muisteluista tutkija on saanut tietoa, joka liittyy yhteen Suomen takavuosien kenttäpiispoista. (Pekka Niirasen väitöskirja tarkastetaan Helsingin yliopiston teologisessa tiedekunnassa tänään.)